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Se encuentra ubicada en un sitio privilegiado, con dominio sobre el pueblo y el valle, coronando la ladera sobre la que se asienta la parte más antigua de la localidad. Observando sus muros, sobre todo el que da al sur, puede verse que el edificio ha sufrido muchas transformaciones a lo largo de la historia. Parece ser que ya desde el siglo XII había aquí un pequeño templo asociado a un recinto defensivo. Pero el grueso de la construcción tal como lo conocemos actualmente habría sido levantado entre los siglos XVII y, sobre todo, XVIII.
La ermita, única de todas las que había que se encuentra en uso, es un hermoso edificio en mampuesto y sillería fundamentalmente, con ladrillo en algunos arcos así como en la parte superior de la espadaña. El revestimiento que tuvo hasta hace unos años en el muro sur ocultaba el mampuesto y el ladrillo por una parte y enmarcaba los sillares de los vanos tal como quisieron sus constructores. Un pórtico con bóveda de arista abierto al sur y al oeste ofrece un poyo de piedra bien protegido de los vientos que soplan a esta altura. La espadaña con la campana más volteada en este pueblo a lo largo de su historia marca el perfil de esta ermita y añade altura a la colina y la remata. Unida al edificio está la vivienda del santero, con acceso directo al interior.
Orientada al este, en su interior podemos ver un edificio de planta de cruz latina de nave única de tres tramos desiguales separados por arcos de diafragma y un crucero con dos capillas laterales. Decoración pintada recorre el entablamento, las pilastras, los paños de las bóvedas, la cúpula y el ábside.
ábside y crucero se encuentran separados de la zona de los bancos por una fuerte verja de hierro forjado con cancela. El crucero se cubre con una cúpula sobre pechinas con relieves de estuco con temas marianos; los dos primeros tramos de la nave van cubiertos con bóveda de aristas y el último con bóveda de lunetos.
En los brazos del crucero, hay dos altares que habitualmente pasan desapercibidos por la posición de la verja y la atracción del altar mayor. Una cúpula apoyada sobre pechinas con una luminosa linterna se asienta sobre el crucero. Para darle más luz al presbiterio se abre una ventana en la zona oeste de la cúpula.
El ábside, elevado sobre unas escaleras de mármol, tiene forma recta en el centro y ochavada en los laterales, donde se abren sendas puertas que dan a una sacristía que lo envuelve todo y a través de la cual pasa la luz que ilumina por detrás el camarín de la Virgen. Un pequeño retablo conquiforme cubre el testero y recoge el camarín y las imágenes de Santa Gertrudis y San Indalecio.
En el tercer tramo de la nave sobre el acceso principal, que da al oeste, hay un coro alto, mínimo pero suficiente, en el que queda un sencillo órgano que sonó aún en la primera mitad del siglo XX. Desde ese coro se siguen oyendo las melodías de las novenas en los días previos a las fiestas de septiembre. Para los que las oyeron de niños y ahora están en otras tierras, las ponemos en esta página. Puedes oírlas haciendo clic sobre la foto del coro o aquí.
Saliendo afuera por la puerta que da a la casa del santero podemos voltear la campana tirando de la cadena, siempre que la Virgen esté "descubierta", según manda la tradición.
Desde las traseras de la ermita, al norte, podemos contemplar el cañón del río Leza, el camino hacia las icnitas, el Plano de Trevijano, las rocas sobre las fuentes del Restauro...; hacia el sur -a los pies de la ermita- el pueblo, el río, la carretera y, levantando un poco la vista, los montes hacia Santa Marina, Treguajantes, Luezas...
La costumbre (en muchos casos la necesidad) manda que cuando se termina la ascensión a través de empinadas calles y se entra en el recinto de la ermita hay que sentarse en el poyo y contemplar lo que se ve abajo. Y no es poco.
A la derecha podemos ver las traseras de las casas construidas en la orilla izquierda del barranco, que, restauradas en los últimos años, muestran su estructura de madera y adobe recubierto de yeso. Detrás de ellas la inmensa mole de la Iglesia parroquial, con su torre campanario y los cipreses del "Cementerio viejo", utilizado hasta el siglo pasado. En el centro, tras el edificio de las antiguas escuelas, la plaza y el casino. Y mirando más a la derecha, el río con su puente de piedra de dos ojos y la carretera. Y en la carretera, a la salida del pueblo en dirección a Logroño, el antiguo Hospital de San José, hoy convertido en un activo albergue juvenil. Más abajo, junto al río, las pistas polideportivas.
Las choperas dibujan el recorrido del río Leza por el fondo del valle y, vestigios de un pasado bien cercano, podemos ver las eras de trilla agrupadas en los sitios donde soplaba y sigue soplando un vientecillo suave (mejor el cierzo que el bochorno) que permitía aventar tras la trilla; tres son los grupos de eras: eras de San Antón, eras de El Campo y eras de La Virgen.
Saliendo a las eras de detrás de la ermita podemos ver abajo (casi 100 metros de desnivel en picado) la "cárcara", que es como en Soto se conoce a esta parte del río donde comienza el llamado cañón del río Leza, un cañón que se va a a extender a lo largo de 7 kilómetros en dirección a Logroño.
Habitualmente sólo en invierno y primavera podemos ver agua. El río va seco por aquí en los meses del estiaje: el agua se acaba de filtrar en el Pozo de la Olla y en los anteriores y no volverá a aparecer hasta 7 kilómetros más abajo, en las llamadas Fuentes del Restauro, ya en el límite de la jurisdicción. A pesar de ello, el paisaje impone por su grandiosidad, silencio y belleza. No es difícil poder observar el vuelo solemne de la colonia de buitres que anida más abajo, en la zona del Torrejón. A la derecha, a media ladera, se ve el camino que lleva a las huellas de icnitas. Enfrente, a la otra parte del río, la carretera que conduce a Logroño. Más abajo, la antigua carretera vieja, convertida hoy en uno de los paseos más habituales para nativos y foráneos y que puede continuarse como sendero hasta el Torrejón.